Das Arbeitspaket mit dem Schwerpunkt Schutzgebiete war Teil des Projekts „Zukunft in den Alpen“ der Internationalen Alpenschutzkommission CIPRA. Die Ergebnisse sollten zum Aufbau einer fundierten Wissensbasis über die Alpen (alpKnowhow) beitragen. Ziel des Projekts war die Beantwortung der Frage, unter welchen Voraussetzungen Schutzgebiete gleichzeitig zur Erhaltung der Biodiversität und zur Belebung der Regionalwirtschaft beitragen können. E.C.O. hat zahlreiche Best practice-Beispiele aus dem Alpenraum unter diesem Gesichtspunkt analysiert und daraus aktuellen Handlungsbedarf und zukünftige Perspektiven abgeleitet.